Die Lychener Stadtkirche wurde in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts als Wehrkirche auf der höchsten Erhebung der Altstadt erbaut. Sie ist eine der wenigen frühgotischen Kirchen die noch aus der Zeit der Kirchengründung weitgehend unverändert erhalten blieb. Ihre exponierte Lage macht sie zum beherrschenden Wahrzeichen der Stadt. Der weithin sichtbare schiffsbreite Westturm ist im unteren Teil – wie auch das Kirchenschiff – aus behauenen Granit-Feldsteinen gemauert. Nach oben hin geht das Mauerwerk in eine aus dem 15. Jahrhundert stammende repräsentative Ziegelgliederung über.

Im Jahre 1302 erhielt der Johanniterorden das Patronat über die Stadt, nachdem er eine Komturei und ein Hospital in Lychen errichtet hatte. Zugleich wurde die Kirche, die ursprünglich der Heiligen Maria geweiht war, in Sankt Johannes umbenannt.
Im 17. Jahrhundert fiel das Kircheninnere einem Stadtbrand zum Opfer und erhielt 1698 eine neu barocke Ausstattung, die sich bis heute erhalten hat. Auch ein Kronleuchter von 1629, der von der Schlosser- und Schneiderinnung gestiftet wurde, ist noch vorhanden.

Die Orgel entstand im Jahre 1907 als pneumatisches Instrument mit 24 Registern und 1564 klingenden Pfeifen durch die Orgelbauanstalt Grüneberg. Sie ist eine der letzten Arbeiten des als Meister von Stettin bekannt gewordenen Orgelbauers Barnim Grüneberg, der noch im selben Jahr starb. Mit den zu jener Zeit üblichen, üppigen Spielhilfen eignet sich das Instrument besonders zur Interpretation der Werke spätromantischer Komponisten. In den Sommermonaten finden in der Kirche zahlreiche Konzerte statt.